Исследователи из Калифорнийского университета в Сан-Диего разработали новые рекомендации, которые могут значительно повысить точность результатов при изучении взаимодействия ДНК и белков. Понимание этих взаимодействий критически важно для биологии человека и разработки новых методов лечения различных заболеваний, включая многие виды рака, сообщает Nature Biotechnology.
Ученые сосредоточились на методе нормализации с использованием спайк-инов – широко применяемой технике в молекулярной биологии для обеспечения точности результатов. Этот метод предполагает добавление известного количества хроматина (ДНК и связанных с ней белков) в образец перед исследованием, что помогает учитывать различия между сравниваемыми образцами.
Изучив общедоступные наборы данных, использующие этот метод, исследователи выявили распространенные сценарии его неправильного применения. Они разработали список из девяти ключевых рекомендаций, включающих обеспечение последовательных шагов контроля качества, следование лучшим практикам компьютерного анализа и валидацию результатов другими методами.
По словам ведущего автора Алона Горена, многие исследования используют нормализацию со спайк-инами, и полученные результаты ставят под сомнение биологические выводы, сделанные с помощью этого подхода. Новые рекомендации помогут учесть некоторые подводные камни метода, сохранив при этом его преимущества.
