Исследователи разработали новый метод для изучения взаимодействия между белками и РНК в живых клетках. Этот метод, названный CARPID (Cas13-assisted RNA-protein interaction detection), использует систему CRISPR-Cas13 для обнаружения и анализа комплексов РНК-белок в их естественной среде.
Традиционные методы изучения взаимодействий РНК-белок часто требуют разрушения клеток или использования искусственных систем, что может искажать результаты. CARPID позволяет наблюдать эти взаимодействия в живых клетках, сохраняя их естественное окружение и динамику.
Метод CARPID основан на использовании фермента Cas13, который специфически связывается с определенной последовательностью РНК. Когда Cas13 обнаруживает целевую РНК, он активирует присоединенный к нему биотинилирующий фермент. Этот фермент затем помечает близлежащие белки биотином, что позволяет их легко идентифицировать и анализировать.
Исследователи продемонстрировали эффективность CARPID на примере нескольких известных комплексов РНК-белок, а также обнаружили новые взаимодействия. Метод показал высокую специфичность и чувствительность, позволяя выявлять даже слабые или кратковременные взаимодействия.
CARPID открывает новые возможности для изучения роли РНК-белковых комплексов в различных клеточных процессах, включая регуляцию генов, развитие заболеваний и клеточный ответ на стресс. Этот метод может помочь в разработке новых терапевтических подходов, основанных на модуляции взаимодействий РНК-белок.
