Исследователи Университета Отаго в Новой Зеландии создали инструмент для изучения генов бактериофагов — вирусов, поражающих бактерии. С его помощью можно установить, какие фрагменты вирусного генома необходимы для размножения, а какие способны изменяться без утраты этой функции. Работа ученых опубликована 25 сентября в журнале Nature Microbiology.
Новый подход получил название phage Tn-seq. В геном бактериофага в различные участки вводят мобильный фрагмент ДНК, способный нарушить работу гена. После этого с использованием системы отбора на основе CRISPR исследователи отделяют измененные вирусы и анализируют их генетический материал.
Сохранение способности к размножению у фагов с поврежденным геномом указывает на то, что соответствующий участок не является обязательным в условиях эксперимента. Если же такие вирусы не выявляются, затронутый ген, вероятно, необходим для жизнедеятельности бактериофага. Таким образом, метод позволяет оценивать функции малоизученных элементов вирусного генома.
Работоспособность технологии проверили на нескольких бактериофагах. Эксперименты показали, что мобильный фрагмент ДНК подходит не только для нарушения генов, но и для внедрения новых последовательностей. В частности, ученые добавили в геном одного из вирусов флуоресцентную метку, позволившую наблюдать зараженные клетки.
В дальнейшем разработчики намерены использовать phage Tn-seq для исследования малоизвестных генов бактериофагов и работы с вирусами, которые могут атаковать болезнетворные бактерии. Как сообщает «Московский комсомолец», опубликованное исследование пока демонстрирует лабораторный инструмент для анализа и модификации фагов, а не готовую технологию лечения инфекций.