Фото: MIT News
Специалисты Института Броуда и Массачусетского технологического института разработали способ изучать активность генов в живых клетках без их разрушения. Новая технология получила название «клеточное самоотчётирование». Она позволяет многократно отслеживать изменения РНК в одной и той же клеточной популяции.
Обычно для анализа транскриптома — полного набора РНК, производимой клеткой, — исследователям приходится уничтожать клетки. Такой подход даёт лишь разовый снимок их состояния. Новая методика, описанная в журнале Cell, позволяет получать нужные данные из питательной среды, в которой находятся клетки.
Для этого учёные использовали вирусоподобные частицы. Модифицированные клетки упаковывают собственную РНК в белковые оболочки и выделяют их в окружающую жидкость. После этого исследователи берут пробу среды, выделяют РНК и проводят её секвенирование, не повреждая сами клетки.
Метод проверили на нескольких типах клеток человека, включая раковые, стволовые, нервные и первичные клетки доноров. Технология также сработала в смешанной культуре из двух типов клеток: специальные метки позволили разделить их сигналы при анализе. Кроме того, подход применили к трёхмерным клеточным структурам и моделям органов на чипе.
В устройствах «орган на чипе» исследователи наблюдали за изменением экспрессии генов в эндотелиальных клетках с течением времени. Анализ показал различия в генах, связанных с формированием сосудистых сетей, в зависимости от происхождения поддерживающих фибробластов. Разработчики продолжают искать новые области применения технологии и рассчитывают адаптировать её для исследования отдельных клеток.
