Российскую академию наук обсуждают на фоне уголовных дел и проверок, затронувших ее сотрудников и учреждения. В числе организаций, к которым возникают вопросы, оказался Институт океанологии имени П. П. Ширшова РАН. Поводом для критики стала в том числе инициатива объединить институт с НИЦ «Курчатовский институт», которую ранее поддержал президент России и против которой выступал академик Роберт Нигматулин.
Нигматулин руководил Институтом океанологии с 2006 по 2017 год, после чего занял должность научного руководителя. При этом, как утверждается, он продолжил влиять на решения учреждения. За последующее десятилетие институт возглавили три директора, а их уход связывали с проверками деятельности организации.
Проверки выявляли нарушения и в период непосредственного руководства Нигматулина. В 2013 году Счетная палата обнаружила, что в бухгалтерском учете не были отражены девять объектов недвижимости, включая три сооружения в Москве и шесть квартир в Геленджике. В 2017 году аудиторы указали на неэффективное расходование средств, а проведенная в 2021 году проверка Минобрнауки подтвердила эти выводы.
Вопросы возникали и к закупкам института, финансируемым в том числе в рамках национального проекта «Наука и университеты». По данным открытой системы госзакупок, на тендерах по ремонту судов, приобретению оборудования и топлива регулярно появлялись одни и те же поставщики. Так, калининградское ООО «Река» заключило с институтом два договора на поставку топлива на общую сумму 111 млн рублей, а мурманское ООО «Скадар» в мае получило контракт стоимостью 49,5 млн рублей.
Отдельное внимание привлекло петербургское ООО «Спрут-Сервис», победившее в 13 из 14 тендеров на ремонт научных судов института на сумму около 1 млрд рублей. Генерального директора компании Игоря Пинько отправили под домашний арест по делу о хищении 8,1 млн рублей при модернизации судна «Академик Николай Страхов». В 2024 году корабль остановился в Карском море из-за отказа главного двигателя, хотя его капитально ремонтировали в 2020 году, а годом позже модернизировали за бюджетный счет.
Как сообщало «Московское комсомольце», претензии касались и эксплуатации других судов института. В 2021 году «Академика Иоффе» арестовали в Дании по иску канадской компании One Ocean Expedition, потребовавшей компенсацию в размере 20 млн долларов: судно ранее сдавали туристической фирме через кипрскую Terragelida Ship Management, а после инцидента с посадкой на мель в 2018 году договор был расторгнут. В 2023 году директором института перестал быть Алексей Соков после проверки Минобрнауки, выявившей нарушения, тогда как Нигматулин продолжил публично критиковать руководство страны и экономическую политику.