Специалисты Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» восстановили особенности ДНК бактерии, которая ранее погибла в лаборатории, а затем нашли родственный микроорганизм в бурятском озере. Как сообщает ТАСС со ссылкой на пресс-службу центра, поиск провели по генетической «ориентировке».
Исследователи получили живую накопительную культуру из озера Умхей в Бурятии в 2011 году. Штамм обозначили как Um 2, а сведения о маркерных последовательностях его ДНК внесли в специализированную генетическую базу. В 2014 году культура погибла, поэтому продолжать изучение живых клеток в лаборатории стало невозможно.
Сохраненные маркерные участки ДНК ученые Курчатовского геномного центра использовали в качестве генетического «отпечатка пальца». С его помощью микроорганизм искали непосредственно в природном сообществе озера Умхей. Такой подход позволил восстановить геном утраченного организма.
Для подготовки ДНК-«ориентировки» авторы применили сборку из метагеномных данных. Биоинформатическими методами они выделили среди тысяч длинных фрагментов ДНК те, которые принадлежали нужному организму. Профиль одного из новых образцов из озера совпал с созданным описанием, благодаря чему бактерию восстановили без повторного выделения в чистую культуру.
Специалисты НИЦ «Курчатовский институт» и ФИЦ Биотехнологии РАН установили, что организм относится к новому виду мезофильных нитчатых аноксигенных фототрофов — бактерий, осуществляющих фотосинтез без выделения кислорода. Новый вид предложено назвать Candidatus Viridifilum namsaraevi в память о Баире Бадмабазаровиче Намсараеве, изучавшем микробиологию сибирских термальных источников.
Полученные геномные данные раскрывают особенности приспособления этих микроорганизмов к щелочной среде с умеренной температурой. Их изучение поможет исследовать ранние этапы формирования фотосинтеза и энергетических систем клетки, а также роль таких бактерий в соленых и содовых водоемах и серных источниках. Результаты работы опубликованы в журнале FEMS Microbiology Letters.