Учёные создали два метода анализа эпигенома на уровне отдельных клеток — dscNanoATAC и dscNanoCUT. Каждый эксперимент позволяет обработать около 5000 клеток, а подготовка образцов стала быстрее и дешевле по сравнению с ранее применявшимся подходом. Результаты работы опубликованы в журнале Cell Discovery.
Разработки предназначены для изучения доступности разных участков ДНК и химических изменений белков, в комплексе с которыми она упакована. Оба показателя участвуют в регулировании активности генов. Для проведения анализа исследователи объединили коммерческую микрофлюидную систему с технологией считывания длинных фрагментов ДНК.
В ходе процедуры клетки распределяют по микрокаплям и снабжают специальными молекулярными метками. Благодаря этому после получения результатов можно установить, какой клетке соответствует конкретный набор данных. Такой подход позволяет одновременно работать с большим количеством отдельных клеток.
Подготовка библиотеки — набора фрагментов ДНК для последующего считывания — для примерно 5000 клеток заняла один день вместо как минимум недели. Согласно расчёту авторов, совокупные расходы на эксперимент вместе с секвенированием уменьшились примерно с 9915 до 1945 долларов. Приведённые суммы рассчитаны с учётом условий и цен, действовавших в рамках исследования.
Работоспособность методов проверили на культурах клеток млекопитающих и образцах мозга мыши. С их помощью удалось различить клеточные типы и изучить особенности регуляции материнской и отцовской копий генов. Как сообщает Cell Discovery, разработка относится к исследовательским инструментам, а её эффективность для диагностики или лечения заболеваний авторы не оценивали.