Система SynthIDBio распределяет водяной знак по всей длине белковой последовательности. Если в определённой позиции подходят несколько химически родственных аминокислот, например лейцин, изолейцин и валин или серин и треонин, алгоритм по возможности выбирает вариант, соответствующий водяному знаку. Разработчики также описывают этот процесс как поиск среди функциональных белков тех последовательностей, в которых достаточно аминокислот, связанных с меткой.
Поэтому обнаружение водяного знака не сводится к простому ответу «да» или «нет». Необходимо проверить всю последовательность, использовать специальный ключ и подсчитать, насколько часто в готовом белке встречаются аминокислоты, выбранные SynthIDBio. Как сообщает Ars Technica, Google разработала и программное обеспечение для такой проверки.
Отдельно исследователи проверили, сохраняют ли помеченные белки свои свойства. Система создавала белки, способные физически взаимодействовать с важными природными белками, которые ранее уже становились целями разработок с применением искусственного интеллекта. Версии с водяным знаком успешно связывались с нужными мишенями.
Такая проверка была менее строгой, чем испытание белка в роли катализатора. Однако полученный результат показывает, что добавление метки не должно создавать серьёзных препятствий для более сложных задач проектирования белков. При достаточной длине последовательности водяной знак можно обнаружить.
Практическая ценность технологии связана с биобезопасностью. При заказе ДНК производители обычно проверяют последовательности на способность кодировать фрагменты вирусов, токсичные белки и другие потенциально опасные структуры. Но белок, не похожий на известные образцы, в том числе созданный искусственным интеллектом, существующие методы могут оказаться не в состоянии оценить с точки зрения угрозы.