Американские исследователи выявили участки РНК коронавируса SARS-CoV-2, которые участвуют в управлении его размножением внутри заражённых клеток. Если заблокировать некоторые из этих областей, вирус значительно хуже создаёт новые копии. Результаты работы опубликованы в журнале Nature Communications.
Исследование провели учёные Калифорнийского университета в Риверсайде и Калифорнийского университета в Сан-Диего под руководством Джой Сян и Джина Йео. Вместо внешних структур возбудителя специалисты изучали процессы, происходящие внутри клетки. Их интересовали фрагменты вирусной РНК, связанные с копированием генома и производством белков.
С помощью технологии eCLIP (метода определения непосредственных контактов РНК с белками) учёные составили карту взаимодействий по всему вирусному геному. В работе изучались, в частности, белки NSP12, NSP8 и нуклеокапсидный белок N. NSP12 входит в состав фермента, копирующего генетический материал вируса, NSP8 поддерживает работу этого комплекса, а белок N организует РНК и регулирует её использование.
Исследователи установили, что связь белка N с начальным участком генома, вероятно, влияет на образование вирусных белков в первые периоды заражения. Также было найдено ранее неизвестное место контакта NSP12 с областью РНК, кодирующей белок NSP3. Эта зона регулирует количество вирусной РНК и белков, показывая, что геном SARS-CoV-2 не только хранит инструкции, но и сам участвует в управлении молекулярными процессами.
Затем специалисты применили антисмысловые олигонуклеотиды — короткие изменённые последовательности нуклеиновых кислот, которые избирательно присоединяются к заданным участкам РНК. Воздействие на выбранные области заметно подавило размножение вируса. Сначала эффект проверили на клетках Vero, полученных из тканей африканской зелёной мартышки, а затем подтвердили сопоставимый результат на клетках лёгких человека.
Наиболее перспективными мишенями учёные считают участки генома, которые мало меняются при эволюции коронавирусов. Такой подход, как предполагают авторы, может помочь создать препараты, менее зависимые от появления новых вариантов SARS-CoV-2, а в будущем — использоваться против других коронавирусов с похожими механизмами. Однако, как сообщает Nature Communications, пока результаты получены только на клеточных культурах: готового лекарства нет, а безопасность и эффективность метода для человека не установлены. Следующим этапом должны стать испытания на животных, после которых можно будет оценивать перспективы клинических исследований.